Il s'agit d'un contexe difficile à comprendre pour les nouveaux venus sur l'île, mais il n'y a rien de plus normal, traditionnel et bien vu à Dinotopia que d'avoir un alter-ego. Cela consiste à obtenir un lien profond et unique avec un dinosaure si c'est un humain et vice-versa. On dit qu'ils sont jumelés. On peut les appeler couple, une paire, compagnon, compagne, âme-soeur...Mais il ne faut pas se méprendre et songer immédiatement à la zoophilie ! Un duo humain-dinosaure peut-être lié par des sentiments différents. Certains se sentiront liés comme des frères, d'autres comme les meilleurs amis du monde, ou de mère à fils, d'autres encore tout simplement de maître à animal. Les alter-egos personnifient l'harmonie, règle fondamentale à Dinotopia.
Avoir un Alter-Ego
Ce n'est pas bien compliqué. Le plus souvent, ça se fait tout naturellement. Un dinosaure et un humain se rencontrent, se lient d'amitié au fil du temps, jusqu'à ce qu'ils ne puissent plus vivre l'un sans l'autre. Les paires vivent sous le même toit. Alors soit l'humain va chez le dinosaure, ou l'inverse, ou bien ils changent tout deux pour une maison neutre, solution la plus adaptée en fonction de la morphologie du dinosaure en général. D'autres alter-ego peuvent se former automatiquement, comme les skybax et leur pilote. Quand un humain devient Gardien d'Habitat, son apprentissage commence par la liaison avec son partenaire dinosaure et cela peut prendre du temps puisque le lien doit être provoqué. Il y a un autre cas, l'adoption de dinosaure. Lorsqu'un humain ne parvint pas à s'intégrer correctement à la vie avec les sauriens, il est coutume, pour son apprentissage après son entraînement initiatique, de lui donner la garde d'un bébé dinosaure qui devient automatiquement son alter-ego de ce fait. Le lien étant unique, il ne peut y avoir plusieurs alter-ego pour une personne. A savoir qu'avoir une âme-soeur n'empêche pas d'avoir une relation amoureuse avec une autre personne. Les humains mariés vivent avec leur famille et leur alter-ego. De même qu'il n'y a aucune obligation à avoir un alter-ego. Beaucoup d'humains vivent heureux sans.